更好吃的番茄要回来了

 
更好吃的番茄要回来了  
揭示番茄泛基因组，让“迷失”的基因“回家”  

▲费章君教授在番茄温室里

▲番茄 费章君供图

■本报见习记者 韩扬眉

现在的番茄没有儿时的味道了。为了让番茄变得更优质美味，全世界的科学家们可是费了不小的功夫。

番茄在漫长的人类驯化和培育历史中，从祖先的野生种逐渐成为“优秀”的栽培种。然而，由于人工选择，相对于野生祖先，栽培种的遗传多样性大幅减少，糟糕的是，其中负责“风味”的一些基因也跟着消失了。挖掘和丰富番茄的基因资源，“复活”丢失的基因十分重要。

近日，美国康奈尔大学教授费章君团队和James Giovannoni教授课题组合作构建了栽培番茄及其近亲的泛基因组，绘制了近5000个以前未记录的基因。更重要的是，发现了使番茄具备良好气味和口感的TomLoxC基因的一个“罕见”变体，这些有助于发掘番茄重要性状相关的基因资源，科学指导番茄改良和育种。相关成果于近日发表在《自然—遗传学》上。

构建泛基因组图谱，更“懂”番茄

番茄是全球消费量最大的蔬菜、水果之一，根据联合国粮农组织统计，2017年世界总产量达1.82亿吨，价值超过600亿美元。在美国，番茄是仅次于土豆的第二大食用蔬菜。而在中国，它既是美味佳肴的“主角”，又是夏日解暑的鲜食水果，其风味和品质备受青睐。

基因组是打开生命体奥秘的“钥匙”，但基因组通常来自某个特定个体，只能作为同一物种内其他生物体的参考基因组。

2012年，科学家测定了世界上首个番茄参考基因组，揭示了大约35000个基因，促进了作物改良方面的研究。目前，科研人员已经对数百个野生和栽培番茄品系进行了基因组测序，发现了一些在番茄的驯化和改良过程中显著改变的基因组区域。

“这些基因组序列积累了丰富的数据资源，但是，所有的分析都是基于与参考基因组序列比对进行的，这导致在参考基因组上缺失的基因信息无从获得。”论文通讯作者之一费章君告诉《中国科学报》。

他继而补充道，番茄品种繁多、风味各异，具有显著的形态和代谢多样性，每个品种都含有一些特异的基因，因此基于单一栽培个体的参考基因组无法代表各种番茄的全部基因信息。此外，现代作物育种和改良常常受限于现有品种遗传基础狭窄，选育潜力不足。为此，需要从野生近缘种中引入驯化或改良过程中丢失的优良基因。“我们需要全面调查番茄的基因库，了解其组成和在各类群中的分布，为番茄的改良提供指导。”

与参考基因组相比，“泛基因组”涵盖了整个物种的基因库，以及所有基因的序列及其在种群中的分布信息。这些信息可直接用于克隆目标基因，利用现代分子育种手段迅速转移到现有栽培品种中，大大加速育种工作的进程。

研究人员分析了725个不同的栽培番茄品种及其野生近缘种的基因组序列，绘制了近5000个参考基因组中缺少的基因，这些约占整个泛基因组的12%。

“这些基因涵盖了调控不同番茄特异性状的主要基因，为将来番茄育种中引入特异的优良性状提供了重要的信息和指导。”论文第一作者、康奈尔大学Boyce Thompson植物研究所博士后高磊说。

发现控制风味的罕见基因变体