新研究否定新冠病毒的中间宿主是蛇，也否定其存在HIV蛋白插入
新研究否定新冠病毒的中间宿主是蛇，也否定其存在HIV蛋白插入
2020年2月9日，预印本网站bioRxiv更新一篇新冠病毒相关论文，美国密歇根大学的研究人员认为，2019-nCoV的中间宿主相比较于蛇更可能是哺乳动物和鸟类，并且在刺突蛋白中观察到的新插入序列是从蝙蝠冠状病毒自然进化而来的。
以下为论文详细内容：
注意：预印本网站bioRxiv的所有论文未经同行评议。
2019新冠病毒（2019-nCoV）最近在中国武汉引起了肺炎大暴发，并已扩散到全球至少20个国家。
截止到2020年2月8日，全球范围内已确诊37000多例患者，并造成了800多人死亡。
目前迫切需要对其传播和细胞机制进行仔细分析。
美国密歇根大学的研究人员重新分析了最近两篇论文中计算方法和“惊人”发现（https://doi.org/10.1002/jmv.25682和https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871）。
前一篇论文认为蛇是2019-nCoV的中间宿主，而后一篇论文发现2019-nCoV刺突蛋白插入与HIV-1具有独特的相似性。
研究人员使用最新的生物信息学方法和数据库在大规模数据集上进行了重新分析，结果并不支持这些论文中提出的结论。
在前一篇论文中，Ji等人利用同义密码子相对使用度（RSCU）发现，在8个分析的脊椎动物中，蛇类的RSCU与2019-nCoV的差异最小。
研究人员重新对分析了该数据发现，Ji等人使用的蛇类测序数据只包含了约300个蛋白编码基因，仅占蛇类总基因的2%。
而且现有数据库中有超过10万个脊椎动物的基因组数据，而Ji等人仅比较了8个。
通过全面比较10万余个脊椎动物的基因组数据，研究人员发现2019-nCoV的RSCU与蛙类的差异最小。
然而，这并不意味着蛙类是2019-nCoV的中间宿主；相反，研究人员认为，利用RSCU来推测冠状病毒的天然宿主和中间宿主并不靠谱。
在另一篇论文中（作者已主动撤稿），Pradhan等人发现2019-nCoV突刺蛋白中存在四个与HIV-1相似的独特插入片段。
研究人员对突刺蛋白中四个插入片段的结构定位与序列同源性进行了重新分析。
他们的分析表明，这四个插入片段定位在突刺蛋白受体结合结构域的外面，而非Pradhan等人所说的在与ACE2受体接触的表面。
进一步的序列同源性比较发现，这四个插入序列并非2019-nCoV和HIV-1所特有，在其他病毒中也存在，包括蝙蝠冠状病毒。
进一步的进化关系分析表明，2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒RaTG13存在更近的亲缘关系。
总之，根据研究人员的分析和冠状病毒的现有数据，他们认为，2019-nCoV的中间宿主相比较于蛇更可能是哺乳动物和鸟类，并且在刺突蛋白中观察到的新插入序列是从蝙蝠冠状病毒自然进化而来的。
作者：
Chengxin Zhang, Wei Zheng, Xiaoqiang Huang, Eric W Bell, Xiaogen Zhou, Yang Zhang
相关论文信息：
Protein structure and sequence re-analysis of 2019-nCoV genome does not indicate snakes as its intermediate host or the unique similarity between its spike protein insertions and HIV-1
DOI: 10.1101/2020.02.04.933135
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