别再吃穿山甲了！管轶团队从穿山甲中发现新冠相关冠状病毒(2)

除了这些来自广西的穿山甲，此次疫情暴发后，广州海关技术中心也重新检测了他们在3月的反走私行动中查获的5份存档的穿山甲样品（2份皮肤组织，1份未知组织，1份鳞片），这些样本中同样发现了冠状病毒。

通过高通量测序，研究团队发现鳞片样品中包含冠状病毒序列，用这些数据组装了一个21505bp的部分基因组序列(标记为GD/P2S)，可以代表2019-nCoV基因组的72%。

值得注意的是，2019年在广东进行的另一项关于患病穿山甲的研究也从肺样本中发现了与2019-nCoV相似的病毒重叠群。通过不同的组装方法和人工筛选，获得了约占全长病毒基因组86.3%的部分基因组序列(标记为GD/P1L)。

这些在穿山甲中发现的冠状病毒的基因组，与新型冠状病毒基因组相似率在85.5％-92.4％，并在系统进化树中代表了新冠病毒的两个亚型，其中GD/P1L和GD/P2S与新冠病毒密切相关。

穿山甲可能冠状病毒长期宿主，但和2019-nCoV并非最接近亲缘关系

新型冠状病毒属于β冠状病毒属的Sarbecovirus亚属，此前已有一些研究注意到，Sarbecovirus亚属的冠状病毒成员均经历了广泛的基因重组。

为了验证上述观点，研究团队进一步进行了重组分析重组，分析显示，蝙蝠冠状病毒ZC45和ZCS21可能是重组体，包含多个SARS-CoV相关谱系(基因组区域2、5、7)和2019-nCoV相关谱系的基因组片段，包括来自此次穿山甲的基因组片段(区域1、3、4、6、8)。

然而，更值得注意的是，研究团队观察到穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒RaTG13和2019-nCoV之间推测的重组信号。特别是，尽管2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒RaTG13在病毒基因组的其余部分关系最为密切，但2019-nCoV和广东穿山甲的受体结合域（RBD）氨基酸同源性为97.4%，而RaTG与2019-nCoV的受体结合域的氨基酸同源性仅为89.2％

事实上，广东穿山甲冠状病毒和2019-nCoV在RBD的5个关键残基上拥有相同的氨基酸，而RaTG13和2019-nCoV只有一个氨基酸相同。然而，只针对RBD的同义位点系统发育分析显示，广东穿山甲冠状病毒并非2019-nCoV的最接近亲缘关系。

因此，研究团队推测，广东穿山甲冠状病毒与新冠病毒之间的氨基酸同源性可能是由于选择性介导的趋同进化，而不是重组引起的。当然，根据现有数据仍然很难判断。

论文提到，虽然任何趋同进化的驱动因素都是未知的，但就和重组一样，它的可能发生，都将进一步突出中间动物宿主在人类病毒暴发的作用。

迄今为止，穿山甲是除了蝙蝠之外，唯一被认和2019-nCoV相关冠状病毒感染的哺乳动物。

在这项研究中，研究团队在穿山甲中发现了2个相关的冠状病毒谱系，它们都与22019-nCoV相关。这表明穿山甲可能是这些病毒的长期宿主。

或从蝙蝠等其他动物宿主中获得2019-nCoV相关病毒

但令人惊讶的是，穿山甲是独居动物，种群规模相对较小，且处于濒危状态。然而不能排除的是，穿山甲从蝙蝠或其他动物宿主中独立获得了2019-nCoV相关病毒。

值得注意的是，这两种穿山甲冠状病毒都是从走私而来的马来穿山甲中获得，很可能来自东南亚，而它们在本土地区所保持的病毒多样性目前未知。

研究团队认为，毫无疑问，穿山甲种群中冠状病毒的传播程度需进一步调查，但在广西和广东省的2019-nCoV相关冠状病毒的反复感染表明，穿山甲可能是冠状病毒出现的潜在重要宿主。

研究团队提到，包括那些与2019-nCoV相关病毒在内的冠状病毒，在亚洲的许多野生哺乳动物中明显存在。虽然穿山甲冠状病毒的流行病学、致病性、种间传染性和传播性仍有待研究，但此次研究提供的数据强烈表明，处理这些动物需要相当谨慎，应严格禁止在菜市场出售。