英国研究：新冠最早始于去年十月，“所有国家几乎同时传播”(2)

通过进化模型“分子钟”估算软件TreeDater等，研究人员观察到一个病毒基因组最近的共同祖先，其出现时间大概在2019年10月6日至2019年12月11日，这与新冠肺炎流行的开始时间相对应。

研究人员指出，这一时间区间与此前使用各种计算方法在新冠病毒基因组数据的较小子集上进行的估计大致相同，但由于数据集规模庞大、一些更复杂的推理方法无法使用，这一结果仍应谨慎采信。

研究团队还发现，在当前阶段的新冠肺炎大流行中，SARS-CoV-2基因组仅积累了中等程度的遗传多样性，任意两个基因组之间的平均SNP（单核苷酸多态性）成对差异为9.6。这意味着，新冠病毒基因组的共同祖先出现的时间不长、相对较新。

几乎同时在所有国家被引入和传播，在首例感染后快速地扩散

研究人员用“一切无处不在（Everything is everywhere）”来形容在多个国家发现的新冠病毒基因组的特征。

事实上，英国、美国、冰岛、澳大利亚等大多数国家中发现的SARS-CoV-2基因组多样性基本概括了7666个基因组数据集中COVID-19的全球多样性。

英国、美国、冰岛和中国发现的SARS-CoV-2基因组全球遗传多样性的比例

这意味着，新冠病毒在这些国家成为本地流行病都是通过大量独立的病毒基因组进入并传播造成的，几乎是同时在所有国家被引入和传播，且在首例感染后快速地扩散。中国是一个例外，虽然被普遍认为是新冠疫情的最初暴发地，但实际上中国的新冠病毒基因组仅包含全球多样性的一小部分。

通过关注独立多次出现的同源性突变，研究团队确定了SARS-CoV-2基因组中的198个的频发突变（recurrent mutation），这些突变可能标志着基因趋同进化，并且在适应性背景下使SARS-CoV-2特别容易感染人类宿主。近80％的频发突变在蛋白质水平上产生了非同义的变化，研究者们认为，这表明SARS-CoV-2还在持续发生突变以适应人类。

SARS-CoV-2的结构包括分为两部分的、编码非结构蛋白的开放阅读框（ORF）；四种结构蛋白：刺突（S）、包膜（E）、膜（M）和核壳（N）；以及一组小的附属因子。研究人员发现发生频发突变的上述198个位点（占所有位点的0.67％）与7666个基因组中的290个氨基酸变化相关。在这些氨基酸变化中，232个包含非同义突变，58个包含同义突变。

研究人员进一步观察到，Orf1ab中编码Nsp6、Nsp11、Nsp13的区域中的三个位点，以及刺突蛋白中的一个位点存在特别多的频发突变。

作者们认为，迄今为止，在人类中传播的SARS-CoV-2突变中，绝大多数突变可能是中性的甚至是（对病毒基因）有害的。而突变的同源性，例如本研究中检测到的198个频发突变位点，可能是中性进化的产物或正在进行的选择的结果。

研究人员指出，理想情况下，药物和疫苗的设计应靶向SARS-CoV-2基因组的相对不变的、受强烈限制的区域，以避免耐药性。这些同源性突变位点中，不涉及极性变化的部分可能反映了这些位置的强烈进化限制，进而可能成为药物或疫苗的设计靶标。

研究人员还指出，由于SARS-CoV-2是引发人畜共患病的病毒，它很可能还无法很好地适应其人类宿主。虽然SARS-CoV-2种群有可能演变为毒力不同、传播能力不同的亚型，但必须强调的是，目前尚无证据表明SARS-CoV-2存在独特表型的进化。