追踪病毒演化，他们用科学说话

 
 
追踪病毒演化，他们用科学措辞  
——记北京大学生命科学学院抗疫科研攻关团队  

“你们放下手头的所有事情，全力做这件事。”1月31日，大年头七，陆剑把本身的两位博士生拉入了一个小群。

他给学生部署了一个任务——按照数据库中的果真基因组序列，研究新型冠状病毒。

当时，陆剑也未预推测新冠肺炎疫情会一连这么久，影响这么多人。他的想法很是简朴——给临时无法返校的学生找点事做，让他们学些新对象。

陆剑是北京大学生命科学学院及卵白质与植物基因研究国度重点尝试室研究员，主要研究规模是进化生物学。按照疫情防控要求，学生今朝还无法返校。5月底，陆剑带着科技日报记者走过一间间空荡荡的尝试室，笑着说：“尚有些不习惯。”

“这个处所太差异寻常了”

1月末，对新冠病毒的研究如雨后春笋。1月30日，《自然》的一篇文章显示，已经有54篇与新冠病毒相关的英文论文颁发。

陆剑记得，2003年他在美国芝加哥大学攻读博士时，导师吴仲义先生与赵国屏先生及海内其他专家相助，完成了SARS的基因组演化研究。当时，陆剑并没有直接参加这项事情，但也被演化生物学与基因组团结所表示出的强大力大举量震撼。面临此次新冠肺炎疫情，陆剑想，或者本身能做些基因组演化事情，“这是我们的老本行”。

陆剑也把它当成一次实战解说，学生回不来，但进修要继承。

病毒基因组演化的样貌徐徐揭示。这是一种单链RNA病毒，基因组为近3万个核苷酸，编码12个基因，编码区占基因组的近98%。

研究开始后不久，他们就抓住了第一个不寻常之处。

当时，可以或许阐明的数据不多。纵然一边做一边增补更新的数据，他们也只能阐明103个病毒的基因组数据。

但就是按照这103个序列，在参考基因组的第8782和第28144位，课题组看到了“打包呈现”的突变——这好像是两个高度连锁的突变位点。

一般基因的突变都是单个随机呈现，但这里的突变有所差异——“有你必有我”。“其时并不知道这个发明会有多大的意义，我只是以为它太不寻常了。”

陆剑用投屏的方法向记者演示他的发明：“你看，新冠病毒基因组存在两个很是明明的谱系。”

课题组把两个谱系称为“L”和“S”，它们因基因组28144位突变对应的氨基酸别离是亮氨酸（L）和丝氨酸（S）得名。在103个样品中，72个为L谱系，29个为S谱系。

谱系之间分得如此清晰，也意味着这种分化在病毒演化早期就已经发生。那么，毕竟哪一个谱系更为陈腐？

在这里，陆剑课题组也引入了做演化阐明常用的一种手段——外群阐明。他们用更为陈腐的病毒作为参考系后发明，在样本中占据更大比例的L谱系其实是“厥后居上”，它实际上比S谱系更年青。

学生：几个月只出过一次家门

“疫情就摆在那。”这是在交换中课题组博士生吴长城常说的一句话。疫情是“呼吁”，是责任，也是压力。

对学生来说，和新冠病毒的这次比武，确实是一次颇具挑战的进修进程。他们必需快速把握此前并不熟悉的软件和阐明东西，来到这个热门又生疏的规模。在短暂探索之后，找到本身的位置，安营扎寨，静心深挖下去。

“有动静就回，有活就干。”吴长城这样形容他们的事情状态。有一次，各人相助在微信群里改论文，一口吻从新一天黄昏6时改到了第二天破晓5时。

他们都以为时间紧要。

读博士三年级的课题组学生唐小鹿，从寒假到此刻，就出过一次家门。