玉米多组学数据库欲买通信息“孤岛”

 
 
玉米多组学数据库欲买通信息“孤岛”  
 

克日，华中农业大学传授严建兵课题组，乐成整合了来自同一玉米群体多组学数据，构建了玉米属综合数据库ZEAMAP。相关成就颁发于iScience。

该数据库内嵌了基因组“欣赏器”和“搜索引擎”，从而实现了对相关组学生物大数据的高度集成、快速检索和智能阐明。

此前，我国玉米基本研究取得了显著后果，但在其研究质料和数据的共享平台建树上有待增强。该数据库的成立，不只辅佐用户晋升了对周围组学、数据挖掘的时间效率，更实现了多维组学大数据之间的接洽，在买通信息“孤岛”上迈出有力一步。

多组学信息整合破壁垒

谈及搭建玉米数据库的动因，论文通讯作者严建兵先容，他曾在国际玉米小麦改善中心进修、事情4年多。“该中心的使命就是向全世界无偿分发种子资源。这段经验对我发生了很大影响。”从2010年底返国开展事情第一天，严建兵就把成立玉米多组学数据库提上了日程。

另外，海内学者对基本研究的质料和数据收集、分享恒久依赖国际数据库，好比美国国度生物信息中心（NCBI）、欧洲分子生物学尝试室（EMBL）等成立的数据库。严建兵对《中国科学报》暗示：“这些国际数据库极大促进了厥后者的科学研究，为全球科技进步作出了不行消逝的孝敬。”

不外，“跟着高通量检测技能的快速成长，生物学数据朝着多组学、多维度的层面快速积聚。然而以玉米为例，现有数据库大多存眷一种或几种特定组学数据，差异数据库之间难以有效整合操作”。严建兵指出。

于是，这些数据成了一座座“孤岛”。以玉米为例，论文第一作者桂松涛汇报记者，有的数据库只包括了基因的注释信息，有的只记录了遗传变异信息，那么仅通过这两个孤独的数据库资源将难以判定出，某个遗传变异是否会对四周的基因表达造成影响。

为了打破信息壁垒、提高研究效率，严建兵课题组以其自身牵头收集并被海表里同行遍及利用的玉米关联群体为基本，整合了该群体的基因组、转录组、表型组、代谢组、表观基因组、遗传变异以及遗传定位功效等多组学大数据，构建了玉米属综合数据库ZEAMAP。

在该平台，用户可按拍照应的条目链接，在差异组学大数据之间举办跳转会见，实现信息互联。

今朝，ZEAMAP收录了4个玉米基因组和1个大刍草基因组，并对每个基因组中数万个预测基因予以具体的成果注释。该数据库还整合了玉米关联群体507份自交系中数百万遗传变异的基因型信息，并整合了遗传变异与数十种农艺表型、数百种籽粒代谢产品以及上万个基因表达量的遗传定位功效。

ZEAMAP内嵌基因组“欣赏器”以及富厚的数据检索、阐明和展示东西，用户可直观比拟力基因组、基因共线性区块、表达模式聚类、遗传变异基因型、连锁图谱、遗传定位功效、染色质交互、组卵白修饰以及群体程度的DNA甲基化等多组学数据举办检索和阐明。

数据分享与数据安详都不能缺

“从用户角度来说，ZEAMAP极大低落了用户对周围组学、数据挖掘的时间本钱。”华中农业大学传授李林主要操作生物大数据举办玉米株型建身分子机制研究，他指出，今朝全球已有的险些都是单一组学大数据库，ZEAMAP则在必然水平上实现了多维组学大数据之间的接洽，驻足于完整反应遗传信息的整个链条，逾越了存储层面的数据库。