全球首个猪整合组学常识库宣布
全球首个猪整合组学常识库宣布
9月10日，《自然》旗下《通讯—生物》在线宣布了华中农业大学传授赵书红团队建设的国际上首个猪整合组学常识库ISwine。该常识库建设了一个基于卷积神经网络模子和多组学信息的候选基因评分推荐系统，买通了从全基因组关联阐明（GWAS）功效的显著标志到候选基因推荐的“最后一公里”。
论文通讯作者赵书红先容，单一组学的阐明，如全基因组关联阐明，往往止步于标志和表型间的“相关”，难以展现“因果”。而中心法例汇报人们，遗传信息从DNA转录到RNA，再翻译生成各类卵白质，行使特定的生物成果，一个完整的生物进程需要多个组学的参加。
赵书红说，连年来，猪的多组学信息呈超指数型增长，如何解读海量异质性的多组学数据，整合来自差异研究的多组学信息以理会遗传变异与重要经济性状间的干系，面对着极大的挑战。
为办理上述问题，团队收集了民众数据库中近乎所有的猪基因组数据、转录组数据以及性状相关的文献组数据。通过清洗、阐明和布局化等进程，将这些数据以基因组变异数据库、基因表达数据库以及QTX数据库的形式收录到ISwine中。
个中，基因表达数据库是猪中第一个基于转录组数据的表达谱数据库，基因变异数据库是猪中最大的变异信息数据库。美国国度生物技能信息中心（NCBI）在2018年遏制了对猪dbSNP数据库的更新。而ISwine将为猪遗传育种研究人员提供富厚的基因组变异信息和完备的单倍型信息。
别的，ISwine按照差异组学特点提供了用户界面友好的欣赏、检索、可视化、交互和下载模块，用户可以节省大量阐明时间和用度，利便快捷的操作海量组学信息。譬喻，直接输入全基因组关联阐明功效或候选基因列表，ISwine会针对方针性状推荐“高分”候选基因。该计策可拓展应用到其他物种，为多组学信息在遗传和育种中的应用提供了新思路。
上述研究事情获得了国度自然科学基金等项目标扶助。
ISwine常识库：
ISwine利用示例：?viewName=Tutorial
相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s42003-020-01233-4
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