人类基因组计划已完成二十年 DNA何时实现“随手测”(2)
“首先需要人,人到哪里去找?”谈起中国参与人类基因组计划的筹备阶段,杨焕明记忆犹新,基因测序是个技术活,还不是光出力就行。时间很紧张,好不容易凑齐了一百多人,1个月的训练时间又把仅有6个月的任务完成期用去一段,时间愈发捉襟见肘。
一张发黄的照片记录了当时的测序场景。黑板上满是测算数据,演算纸一摞一摞占满了不大的办公室。“拿到正式批准后,团队只有6个月的时间,怎么办?”杨焕明说,团队对参加国际大项目的认识高度统一,也对学习一项新技术充满热情,加班加点、不眠不休是常有的事。
就这样,在2000年的春夏之交,百余人耗时6个月,高质量地解码了人类基因组序列的1%。
价格走向平民化
20年来,技术不断迭代。
2023年,利用最新测序设备进行超过400人的全基因组测序耗时仅需2.5天。
测序技术已实现了自动化、智能化迭代。如今的测序场景已经完全没有了20年前“黑板上讨论、演算纸上验证”的模样。
一个六轴机械臂位于中心,不同的功能单元环绕着它,除此之外还有两条四轴机械臂“助手”辅助“主臂”工作,进行基因测序。它们旋转、停顿、放样、配合分秒不差、毫厘不偏。控温、指示、判读,一切发生在毫秒之间。
最先进的基因测序流程已经几乎完全由机器掌控。指甲盖大小的芯片上,有成千上万个小反应器组成测序单元。所有操作需要的速度和精度是人力难以企及的,全流程自动化串联将人力的不确定性完全剔除。当年的任务如果放在今天,人力和耗时都将大幅下降。
20年来,基因测序价格的每一次“断崖式”下降都成为引发关注的焦点。“人类基因组计划完成过程中创新了很多方法和拼接算法。随着效率不断提高,那之后几年,测序成本下降规律一直符合摩尔定律。”华大生命科学研究院院长徐讯说,但那时,给人体30亿对碱基测序仍是“大工程”。因为很多技术还不普及,比如40年前的计算机,庞大而昂贵,普通人根本用不起。
2007年5月31日,DNA之父詹姆斯·沃森拿到了装有他本人基因组图谱数据的光盘。这是世界上第1份个人版基因组图谱,花费了100万美元,不及当年38亿美元的万分之三。
“一条由数十亿碱基串起的‘链子’要进行测序,不可能整条链进行,需要断裂成小片段测序后再拼接起来。”徐讯说,测量一个人的基因组听起来像测量一条序列,但其实要进行无数条序列的测序。这就是为什么一次能进行大量测量的高通量技术一“入场”就再次改变了成本下降的曲线。
2008年,以高通量技术为“底气”,基因测序行业提出5000美元的成本目标。五年后的高通量测序更成熟、更高效,也实现了5000美元的目标。这是基因测序走向平民化的第一步。
“人们相信成本可以再降,信息化、自动化、智能化,以及生物信息处理效率相关的算力算法等都在演进。”徐讯说,测序技术越来越趋近普通人负担得起的价格,一个人的基因组测序成本终于在2023年降至不到100美元。
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