最理想情况下，旅客筛查或漏掉近半感染者(2)

美国得州农工大学研究人员发现，用于宿主细胞感染的突刺蛋白显示出关键的非同义突变，这可能会妨碍先前开发的治疗方法的有效性，但它仍然是生物制剂和大环肽开发的可行目标。

冠状病毒进入并在宿主细胞内复制的生命周期。

此外，包括RdRp和3CLpro在内的其他关键药物靶标与SARS-CoV具有高同源性(>95%)。因此，研究人员提出4种可能的候选药物(一种基于ACE2的肽、remdesivir、3CLpro-1和一种新型的乙烯基砜蛋白酶抑制剂)，可用于治疗2019-nCoV患者。

研究人员在文中提到，由于remdesivir是一种正在进行临床试验的药物，中国政府可能会与吉利德公司就该药用于2019-nCoV患者的可能性进行谈判。

研究人员希望通过总结相关药物研发经经历，能帮助开发广谱抗冠状病毒药物，以应对未来的流行病。

作者：Jared S. Morse、Tyler Lalonde、Shiqing Xu、Wenshe Liu

BioRxiv

新型人冠状病毒2019-nCoV的跨物种进化及疫苗研发免疫决定因素的研究

2019年12月，中国武汉市爆发新型冠状病毒（nCoV），目前已蔓延至全球多个国家，各国均加大了防控力度。

这种人类病原体是β-冠状病毒的一员，携带3万碱基的单链阳性RNA基因组。

了解这种新型病毒的进化、人畜共患传播和来源，将有助于加速遏制和预防工作。

2020年1月30日，美国加利福尼亚大学研究团队详细分析了2019-nCoV的基因组进化和疫苗开发的潜在候选肽类。

这种nCoV基因型可能是通过积累非同义突变、indels和重组事件从蝙蝠冠状病毒进化而来的。S蛋白和M蛋白发生了广泛的突变，而E蛋白和N蛋白则非常保守，在进化过程中对2019-nCoV施加了不同的选择压力。

有趣的是，2019-nCoV 的S蛋白含有39个核苷酸序列插入，这与印度洋-太平洋常见的一种鱼类的基因组序列同源。

此外，研究组在S、E、M和N蛋白中确定了8个高结合亲和力（HBA）的CD4 T细胞表位，该表位通常在亚太地区人群HLA-DR等位基因上识别。

这些免疫显性表位可被纳入通用亚单位CoV疫苗中。

不同的HLA类型和表位结合亲和力的变化可能有助于确定人类循环病毒的广泛免疫病理结果。

该发现强调了在活体动物市场上持续监测CoV菌株的必要性，以更好地了解病毒对人类宿主的适应，并制定切实可行的解决方案，防止新的致病性CoV菌株出现。

作者：

Arunachalam Ramaiah, Vaithilingaraja Arumugaswami

论文链接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.925867v1

从基因组测序数据中解释性检测新的人类病毒

病毒的进化速度非常快，因此需要可靠的病毒宿主预测方法来保障生物安全。

新型人类感染病毒很难用标准的生物信息学工作流程来检测。

2020年1月30日，德国罗伯特·科赫研究所对病毒是否能通过下一代测序结果直接感染人类进行了预测。

研究组证明深神经结构明显优于浅层机器学习和标准的、基于同源性的算法，将错误率降低一半，并将其归纳到与试验中出现情况相差甚远的分类单元。

研究组提出了一种新的卷积滤波器可视化方法，将每个核苷酸的信息内容与其对最终分类决策的贡献分离开来。