科学家提出全基因组上位效应检讨新要领
科学家提出全基因组上位效应检讨新要领
克日，国际期刊《生物信息学》在线颁发了山东农业大学传授张勤团队开拓的快速高效全基因组上位效应检讨新要领。该要领为理会动植物巨大性状的遗传机制、操作非加性效应提高个别表型预测精确性及精准选配繁育亲本提供了重要的理论支撑。
论文通讯作者张勤先容，连年来研究人员主要从两个方面开展动植物遗传育种研究事情。一是探讨基因和表观性状表型的干系，理会相关遗传机理；二是通过基因组遗传评估，选择遗传优良的个别繁殖儿女，实现群体遗传改善。
今朝，大大都对基因组信息的研究范围于加性遗传效应方面，也就是对影响性状的多个微效基因的基因型值累加研究。由于计较效率低、检讨互作范例单一、无法处理惩罚反复丈量数据等问题，对非加性效应尤其是上位效应的研究较少。而上位效应表达的是两个或多个位点的连系效应相对付逐个位点效应加和的偏离，被认为是研究巨大性状遗传机制及表明“缺失遗传力”现象的重要方法。
为此，张勤团队基于遗传育种中常用的线性殽杂模子，提出了快速高效的全基因组上位关联阐明要领，即REMMAX要领。该要领在模子中插手了多个配景遗传效应，更好地节制假阳性率，还能同时检讨加性、显性、加加互作、加显互作和显显互作效应；模子中也插手了个别特有的残差效应，可以处理惩罚有反复丈量值的数据。
他们研究发明，该要领构建的近似检讨统计量与个别数成线性干系，并且近似检讨统计量与准确检讨统计量的相关性到达0.99以上。
该要领的提出，使本来数月才气完成的计较任务可用一天时间完成，使全基因组范畴内的上位效应检讨成为大概。通过实际数据证明，该要领相对付本来的加性效应模子，具有更高的表型预测精确性。
研究事情获得了山东省农业良种工程、国度自然基金和山东省博士后创新人才支持打算等项目资金的支持。
相关论文信息：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa610
软件链接：https://github.com/chaoning/GMAT
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