泛基因组数据库：找到油菜的“好基因”(2)

华中农业大学油菜团队传授刘克德先容，该研究为进一步理会甘蓝型油菜的基因组布局和加快遗传改善提供了资源，泛基因组的成立对判断与重要农艺性状关联的布局变异有重要意义。

为了让油菜遗传育种研究人员可以或许快捷、利便地检索和利用油菜泛基因组相关资源，研究人员进一步团结1689份油菜的基因组及重测序数据，构建了甘蓝型油菜泛基因组数据库BnPIR。相关论文10月17日在线颁发于《植物生物技能杂志》。

泛基因组数据库BnPIR

杨庆勇先容，BnPIR是基于基因信息模块的综合平台，以泛基因组欣赏器和多基因组共线性为焦点，包括多组学数据和常见的生物信息学东西。BnPIR包括基因组序列、基因注释、系统发育干系、表达数据、PAVs 信息、基因分类，品种信息和常用多组学东西，并提供快速搜索和可视化的集成。

BnPIR为油菜分子生物学和育种提供富厚资源，有助于油菜研究人员在泛基因组配景下搜索和可视化其功效，并为其他物种的泛基因组阐明提供有代价的模板僻静台。

同时，研究人员也指出，“今朝我们用于构建泛基因组的代表性油菜品系仅9个，将来将收集、组装和收集更多代表性油菜品系的基因组及其变异信息，整合到BnPIR泛基因组数据库中。”

另外，除了主要聚焦在检索变异层面的BnPIR，此刻他们还已完成了基于图形布局泛基因组的构建，并应用这个新构建的泛基因组举办全基因组关联阐明及进化阐明等研究事情。

当前，我国科学家在十字花科作物育种规模颁发外文论文总量排名世界第一，而且发生了大量优良的遗传质料，以及基因组、转录组和代谢组等多组学数据。如何实现多组学数据复用和共享，将数据转化成常识、专利、品种及出产力，一直是科研人员思考和尽力的偏向。

“泛基因组数据库仅仅是个初步，今朝我们与海内的多个油菜研究团队相助，已经完成了油菜泛转录组数据库的构建，很快就会与各人晤面。油菜代谢组数据库相关构建事情也已开展。”华中农业大学油菜团队传授郭亮说。

华中农大的研究人员但愿，将来通过与海内油菜科学家越发细密的交换与相助，为油菜遗传育种提供越发系统全面、精确高效和友好的数据库和生物信息平台处事事情。

相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41477-019-0577-7

https://doi.org/10.1111/pbi.13491

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