《科学》刊发美国研究：纽约新冠病毒主要由欧洲和美洲引入(2)

样原来自44名女性(52.4%)和40名男性(47.7%)的鼻咽拭子，年数在20-44岁(16%)、45-64岁(33%)、65-79岁(27.4%)和>80岁(16.7%)之间。个中，68名患者有具体的医院就诊信息，别离是：出院12例(17.6%)，入院53例(80%)，初次出院后再次入院3例(2.4%)。

研究者对84个独立的新冠患者疏散出来的病毒株举办了系统发育阐明，并对停止2020年4月1日在GISAID中生存的2363个序罗列办了系统发育阐明。纽约市的新冠病毒疏散株漫衍于整个系统发育树上；并与多个独立的引入相一致。

研究者按照氨基酸和核苷酸代替以及最大似然（ML）和贝叶斯要领的统计支持，将源自西奈山卫生系统寻求治疗的患者的每个SARS-CoV-2疏散株分派到主要的进化枝上。这些突变仅用于分类，因为其成果影响仍然未知。作为参考，研究团队回收了来自NextStrain东西的进化枝定名法。

对付每个指定的分支，他们按照纽约的序各位置和可用的风行病学信息确定了差异范例的输入事件。第一个病毒疏散株来自于一位有中东观光袒露史的患者(A3支，节点5)，第二个疏散株来自于一位有欧洲观光史的患者(B支，节点6)。其余的疏散株，绝大大都(87%)聚积在A2a枝上。这一分支主要由来自欧洲的新冠患者疏散毒株构成(72%)，这表白来自欧洲的病毒引入是3月第一周在纽约暴发的病毒主体。

进化枝A2a内的大大都纽约疏散株都呈分手漫衍，未调查到按国度或地理区域分组的环境。尽量发源各异，但该进化枝中的很多序列很是相似或沟通，这使得在没有其他风行病学数据的环境下无法办理病例之间的直接干系或偏向性。接下来，研究者利用ML和贝叶斯系统动力学阐明来揣度与纽约市相关的新冠流传事件的时间。

对付进化枝A2a，他们预计了从1月下旬到2月中旬的一段未被追踪的全球流传时期，与风行病成长的风行病学调查功效一致（表1，节点2）。 A2a进化枝底部的最早序列包罗从2月下旬开始来自意大利，芬兰，西班牙，法国，英国和其他欧洲国度的疏散株，以及从3月第一周开始的一些北美疏散株（加拿大和美国）。在这一进化枝中，研究者判断出了两个突变，以区别于纽约市和其他地域的序列簇，这表白大概至少有两个独立的病毒引入产生在2月初至2月中旬（表1，节点3至4）。

值得留意的是，这两个簇之一包括位于进化枝A2a中的72个纽约市疏散毒株中的64个，提示社区扩散的产生。

与进化枝A2a中环境相似，进化枝A1a中的SARS-CoV-2疏散株（6％）散布在偏向性未知的多个区域中（图2A，节点1）。该进化枝也主要由欧洲来历的??疏散株构成（82％），详见图2B。

对付其余的进化枝（B，B1和B4），研究者辨别在2月至3月初揣度被引入纽约的4种SARS-CoV-2毒株（表1，节点7至10）。值得留意的是，个中两个引入毒株按照其与美国其他疏散株的密切干系，可以揣度为来自于美国海内，个中就包罗在华盛顿州激发主要社区流传的疏散株（进化枝B1，节点9）。最近有报道称，该进化枝上的毒株被引入了美国东海岸（纽约位于东海岸）。尽量进化枝B中一半以上的序列是亚洲发源的（图2B），但与纽约疏散株最靠近的亲戚是欧洲和北美发源的。

前述测序疏散株和进化枝在地理空间上，漫衍在纽约市所有的行政区和21个社区中（图3）。这与纽约其他医院中的测序疏散株和进化枝时空漫衍相似。

综上所述，研究功效表白，纽约的SARS-CoV-2风行病主要来自美国和欧洲之间的无追踪流传，该病原是从中国直接引入的证据很是有限。